2003年1月20日，博鳌亚洲论坛理事会东京会议选举中国对外贸易经济合作部副部长、中国入世首席谈判代表龙永图为博鳌亚洲论坛第三任秘书长。

　　2003年1月24日，中国国家主席江泽民在中南海会见菲律宾前总统、博鳌亚洲论坛理事长拉莫斯及其他理事会成员。江泽民再次重申中国政府将一如既往地支持论坛的发展。

　　2003年5月13日至14日，博鳌亚洲论坛和亚洲开发银行以视频会议形式在北京联合举办“非典与亚洲经济：影响评估与建议”国际研讨会。这是非典型肺炎疫情在中国发生以来，首次在北京举行的关于疫情与经济关系的权威研讨会。来自世界银行、亚洲开发银行等国际组织、中国政府机构的代表、专家学者及企业界人士近200人与会。

　　2003年7月3日，由博鳌亚洲论坛主办、数字中国联合会协办、中国电信赞助的“非典”与亚洲信息化建设论坛在北京嘉里中心酒店召开。论坛同时在新加坡和香港设立分会场。三地信息产业界官员和知名人士通过国际联线视频播放方式，在会议现场实现了即时对话。来自中国政府有关部门和行业协会、相关国际组织及中外企业代表近150人出席会议。

　　2003年7月13日至15日，由博鳌亚洲论坛、世界旅游组织主办、香港特区政府承办的“新形势下国际旅游合作大会——重振亚洲旅游”在香港会议展览中心举行。香港特首董建华、博鳌亚洲论坛秘书长龙永图、世界旅游组织（WTO）秘书长弗朗加利、世界旅游旅行委员会（WTTC）主席鲍姆加腾、亚太旅游组织（PATA）主席戈登以及来自十几个国家的旅游部长等国际旅游高层以及600多名代表出席了会议。这是非典疫情爆发后在香港召开的第一个大型国际会议。

　　2003年9月8日，博鳌亚洲论坛在北京举行“亚洲经济一体化与区域贸易”研讨会。相关区域组织代表、部分亚洲国家驻华使节、中国政府官员以及学术界和媒体代表参加。

　　2003年9月22日，博鳌亚洲论坛国际会议中心正式启用，江泽民为国际会议中心题名。

　　2003年年11月1日，博鳌亚洲论坛在海南博鳌举行会员大会，通过了论坛章程和有关文件。

　　2003年11月1日至3日，博鳌亚洲论坛在海南博鳌举行第二届年会，主题为“亚洲寻求共赢：合作促进发展”。中国总理温家宝出席并发表题为“把握机遇、迎接挑战、实现共赢”的主旨演讲。巴基斯坦总统穆沙拉夫、塔吉克斯坦总统拉赫莫诺夫、哈萨克斯坦总统纳扎尔巴耶夫、新加坡总理吴作栋以及来自30个国家的近1000余名政府、企业和学术界代表与会。会议期间，博鳌亚洲论坛与世界银行达成协议，双方将共同开展对亚洲区域经济合作的研究。