最后，东西教会的共融还是被强制通过了。乔治•斯库拉里斯、乔治•阿米罗特斯与特拉布宗的乔治三位学者因为对意大利神学家托马斯•阿奎那的仰慕,而大力赞成联合。另一位知名学者卜列东虽然对天主教神学并无好感，故未在最终文件上签字—然而，他在佛罗伦萨受到了极佳款待，其在柏拉图方面的研究备受意大利人推崇，科西莫•德•美第奇（Cosimo de’ Medici）还特意为他设立了一所柏拉图研究院，因此，卜列东也就不好表示明确反对。大牧首约瑟夫之所以同意签字，居然是因为翻译的缘故，误认为天主教的“和子说”与东正教教义并无本质区别—此后不久他就因病去世了。有尖刻的学者评论说牧首满嘴之乎者也但一无是处。贝萨里翁与伊斯多尔则是出于对意大利文化的喜爱，以及将意大利、希腊文化整合的愿望，而表示赞成。其余绝大多数主教也签字确认，当然一部分人是在皇帝的压力甚至威胁下才这么做的。唯一明确反对的只有以弗所的马克。最终人们看到的决议，虽然也采纳了某些东正教观点、习俗，不过大体上还是天主教式的，而对于教皇与大公会议的关系，并没有做详细地约定。  

　　签字易，实践难。当代表团返回新罗马时，遭遇了民众抗议的惊涛骇浪。一度备受尊敬的贝萨里翁，不得不离开拜占庭，前往意大利隐居，在那里他意外地遇见了代表团同仁基辅大主教伊斯多尔，后者也被俄罗斯民众放逐了。东正教大牧首则拒绝承认自己的签字有效。在他去世后，皇帝一度没有合适的牧首继任人选。第一个候选人很快就逝世了，第二个人选格里高利•玛玛斯（Gregory Mammas）虽然在1445年得到正式任命，却被多数神职人员抵制，不得不放弃职位前往罗马避难。而唯一没有签字的马克则众望所归，声名鹊起。当初赞成联合的“三乔治”，一位心灰意冷避居意大利，一位在马克死后成为了“拒统派”骨干，一位甚至另辟蹊径，尝试在东方的穆斯林中寻找盟友。皇帝本人也动摇了，虽然未曾彻底放弃与西方联合的理念，但在其母后海伦娜（Helena）的影响下，也不再强制推行。这一切都造成了拜占庭宗教、思想上的分崩离析。  

　　不过本次大公会议的作用也不尽是负面的。一支新的十字军被组建起来了（尽管有些不情愿）。犹金教皇在1440年发出倡议，4年后，一支以匈牙利人为主的部队在多瑙河组建起来。然而，教皇特使切萨里尼主教（Cesarini）强迫联军统帅，特兰西瓦尼亚总督匈雅提•亚诺什（匈牙利语为Hunyadi János，英文一般拼写为John Hunyadi）撕毁与苏丹订立的神圣条约（从而背负骂名），并进一步在战争方略上对他多加掣肘。苏丹穆拉德二世在黑海之滨的瓦尔纳（Varna）不费吹灰之力，便击败了这群乌合之众。最后一次试图拯救拜占庭的十字军也就此烟消云散了。