“历史文化基因”乃借用遗传学的学术用语“基因”而来。基因支配着生命的基本构造和性能。如同生物世界的“基因”，人类、国家、族群、氏族、家族历史发展中形成的延续着自身文化的核心因素成为各自的“历史文化基因”，它具有长时段的生命力。“中华历史文化基因”是“中国”、“中华民族”经过数千年发展形成的，是属于“中国”、“中华民族”的。我们通常所说的中国、中华民族“五千年不断裂文明”，就是因为我们的“历史文化基因”起到了关键性作用。

　　国家认同是中华文化核心

　　“中华历史文化”不属于中国的“区域文化”，也不同于特定时代、王朝及其他政体的文化，更不属于某个具体的“族属文化”。它是上述诸文化的集合体，也就是中华民族“多元一体”的“一体”文化，这一文化的本质是“国家文化”。国家通过“国家文化”的认同，保证了国家统一与国家历史文化延续。国家文化认同是所有文化认同中最核心、最重要、最根本的。

　　中华历史文化基因应该从中华历史文化的“五千年不断裂文明”中去寻找。“五千年不断裂文明”是相对“文明”之前的“野蛮”与“蒙昧”而言的，后二者也就是还没有进入国家的原始社会。恩格斯指出“国家是文明社会的概括”。据此，可以说中华“五千年不断裂文明”就是中华五千年延续不断的国家历史，中华历史文化基因就是五千年来中国历史文化基因，而国家历史文化基因应该主要体现在国家历史文化上。

　　中华“五千年不断裂文明”经历了传说的“五帝时代”、夏商周、秦汉、魏晋南北朝、唐宋元明清诸王朝，这些不同时代、不同族属的国家统治者、管理者坚守同一国家文化理念，就是我们所说的“国家认同”，这种基于“国家认同”之下的“国家文化”就是中华历史文化基因。这种基因不因国家之内的人群、族群与时间不同而改变，故中华历史文化才能形成“五千年不断裂文明”。