自博士毕业被分配至南京大学工作至今，水涛的研究方向始终未曾离开过西北地区史前考古研究。

　　心系西北史前考古

　　水涛的主要研究方向是西北地区的青铜时代考古研究，其中新疆是他关注的重点之一。这与其个人经历和兴趣是分不开的。水涛从小生长在西北，大学毕业后，在甘肃考古研究所工作了10年；读硕士期间，他去新疆参加过考古发掘及研究；读博士期间，他开始梳理甘青地区的史前文化发展序列。1994年，水涛到南京大学工作后，先后承担了国家文物局的“西域早期文明史研究”课题以及国家社科基金重大委托项目《新疆通史》（史前卷）的主编工作。

　　“新疆考古在十多年前是一个冷门，以前从事新疆考古工作的人员往往都没有其他省区的人多。但这一状况在近年来有所改变，开发西部的热潮形成了‘新疆热’，新疆考古研究也出现了井喷式的发展。”水涛说，这给新疆史前考古研究带来了很大的发展机遇。他告诉记者，当前，新疆史前考古研究不仅关注文化发展序列的完善，还开始探究社会生活分层、聚落、手工业和文化等具体问题。同时，我国考古界还走出了国门，联合乌兹别克斯坦、俄罗斯等周边国家开展了国外考古。

　　“新疆是中外文明对话交流的中转站。新疆考古研究不仅需要关注国内的考古研究，还要了解周边国家的考古研究，这样才能从全局的视野开展研究。”他说，要抓住机遇“走出去”开展中外考古交流与合作。这不仅可以以我国考古研究带动周边国家考古研究或学术发展，彰显我国考古学的实力；而且还可以查阅国外考古研究的资料，感受国外考古工作，从而从不同的视角得到更多的启发。